Bárbara Ondiviela Eizaguirre. 2006. Desarrollo de un modelo integral de gestión de la calidad de los sistemas acuáticos portuarios. Directores: José A. Revilla Cortezón y José A. Juanes de la Peña.

Beatriz Echávarri Erasun. 2007. Estudio de los efectos sobre el medio litoral derivados de la implantación de saneamientos integrales en la costa Cantábrica. Directores: José A. Juanes de la Peña y Gerardo García-Castrillo Riesgo.

Xabier Guinda Salsamendi: 2010. Desarrollo de procedimientos aplicables a la evaluación del estado ecológico de las masas de agua costeras, sensu Directiva Marco del Agua. Directores: José A. Juanes de la Peña y José A. Revilla Cortezón.

Mario Álvarez Cabria. 2010. Estudio de la variabilidad espacio-temporal de las comunidades de macroinvertebrados bentónicos en los ecosistemas fluviales de Cantabria: repercusiones para la aplicación de la Directiva Marco del Agua: Directores José Barquín Ortiz y José A. Juanes de la Peña.

Aina García Gómez: 2012. Desarrollo de un procedimiento metodológico para la estimación del riesgo ambiental debido a emisiones contaminantes en zonas litorales. Directores: José A. Juanes de la Peña y José A. Revilla Cortezón.

María Recio Espinosa. 2013. Métodos para la evaluación del estado de conservación de los hábitats litorales en el marco de la red natura 2000. Directores: José A. Juanes de la Peña y Bárbara Ondiviela Eizaguirre.

Gorka Bidegain Cancer. 2013. Dinámica ecológica de una especie de almeja nativa y una introducida: implicaciones para la conservación y la gestión del marisqueo. Directores: José A. Juanes de la Peña y Andrés García Gómez.

Cristina Galván Arbeiza. 2014. Clasificación de estuarios a diferentes escalas espaciales mediante la integración de modelos físicos y biológicos. Directores: José A. Juanes de La Peña y Araceli Puente Trueba.

Francisco Jesús Peñas Silva. 2014. Clasificación del régimen hidrológico natural y predicción de características hidrogeológicas en el tercio norte de la Península Ibérica (Classification of the natural flow regime and prediction of hydroecological characteristics in the Northern tirad of the Iberian Peninsula). Directores: César Álvarez Díaz y José Barquín Ortiz.

Elvira Ramos Manzanos. 2015. Clasificación física del intermareal rocoso y distribución de macroalgas a diferentes escalas espaciales a lo largo del NE Atlántico. Directores. Directores: José A. Juanes de La Peña y Araceli Puente Trueba.

Ana de los Ríos Gutierrez. 2015. Evaluación integrada de vertidos urbanos, industriales y portuarios a estuarios y zonas costeras mediante análisis químicos y medidas de efectos biológicos (una propuesta para la Directiva Marco del Agua). Directores: José A. Juanes de La Peña y Miren P. Cajaraville Bereciartua.

Javier Francisco Bárcena Gómez. 2015. Desarrollo de una metodología para delimitar zonas de mezcla de vertidos industriales en estuarios. Directores: César Álvarez Díaz y Andrés García Gómez.

Alonso José Rodríguez Benítez.2016. Metodología para el análisis de zonas de mezcla de vertidos puntuales en medios fluviales. Directores: César Álvarez Díaz y Andrés García Gómez.

Tamara Rodriguez Castillo. 2017. Determinación de patrones espacio-temporales del funcionamiento ecosistémico en ríos en la vertiente atlántica. Directores: César Álvarez Díaz y José Barquín Ortiz.

Edurne Estéz Caño. 2019. Efectos de los cambios en la ocupación del suelo en ríos de montaña: un enfoque mutinivel. Director: José Barquín Ortiz.

Alexia María González Ferreras. 2019. Determinación y modelado de los patrones espaciales de la trucha común (Salmo trutta linnaeus, 1758) en la cuenca del río Deva-Cares: el rol de la conectividad y del nicho. Directores: José Barquín Ortiz y Carlos Alonso González.